15 декабря 1986 г. приказом Министерства атомной энергетики СССР и распоряжением Совета Министров СССР на базе проектных, изыскательских и отдельных научных подразделений институтов «Атомтеплоэлектропроект» (ранее Теплоэлектропроект) и «Гидропроект имени С.Е. Жука» был образован Всесоюзный государственный научно-исследовательский, проектно-конструкторский и изыскательский институт «Атомэнергопроект». Институт объединил специалистов, работавших в области атомной энергетики в различных организациях Минэнерго и Минсредмаша СССР. Институтом одновременно выполнялись проекты и находились на разных стадиях строительства более семидесяти энергоблоков мощностью в основном 1000 МВт каждый.
В настоящее время – АО «Атомэнергопроект». Является генеральным проектировщиком и генеральным подрядчиком сооружения атомных электростанций. Осуществляет полный комплекс работ и услуг по сооружению АЭС, начиная от выбора площадки для строительства и заканчивая выводом из эксплуатации. Компанией созданы проекты большинства АЭС на территории России, Восточной Европы и стран СНГ. Атомэнергопроект является генеральным проектировщиком АЭС «Бушер» в Иране, АЭС «Куданкулам» в Индии и АЭС «Аккую» в Турции.
С 17 октября 2014 года единоличным исполнительным органом Атомэнергопроекта является АО «НИАЭП». С 2016 года входит в контур созданного Инжинирингового дивизиона Росатома.
С 17 октября 2014 года единоличным исполнительным органом Атомэнергопроекта является АО «НИАЭП». С 2016 года входит в контур созданного Инжинирингового дивизиона Росатома.